莉亚是个印第安女孩，跟父母幸运的生活在一路。由于一些有权上风的白人想在印第安保存地建工场，是以想拿到莉亚爸爸的授权，而莉亚爸爸拒绝了他们。因而斯洛恩率领三个白人杀了莉亚的父母，而且伪造现场，出庭作证，说是莉亚杀的。最…

故事根据真实事务改编,讲述二战期间,米尔德里德·吉拉尔(梅多·威廉姆斯饰)偶尔间成为了针对美国戎行的德国宣扬职员。轴心莎莉为米尔德里德·吉拉尔的昵称。1949年,在战后柏林被捕后,她被美国科罪为叛国罪,阿尔·帕西诺饰演轴心莎莉的律…

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一路离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今着落不明。从此穆德便专注于神秘事务的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…

Doggett掉臂世人的阻拦坚持调查，他起头着手调查一个环保署职员死亡的案件。

穆德远途调查出了不测，在神经病院醒来有了预见的能力，还能读取他人的心理流动。史考莉在非洲海岸发明那里发明了刻有人类基因图的远古遗物及关于第六次物种大灭绝的记载。　　癌人一向在进行外星混血儿的试验，注入病毒已磨练是否胜利，…

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星叛逆者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发明自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）赞助寻觅搭档，孤枪侠也介入进来。…

在影戏FTF里出现的变种alien从一个基因手艺研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案如今由Spender和Fowley…

对Jeremiah Smith的延续搜索致使Scully发明了加密的数据文件，这些文件的目的还不清楚。杰里米被一个不为人知的刺客紧紧地追捕，带着穆德到加拿大农村一个荒僻罕见的农场，而穿西装的男人决议了穆德夫人的命运。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，实时觉察错误后和史考莉通同好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别捕快不应进入的处所”汇集需要的资料。本季成长越来越精彩，一些没有被完整革新的混血外星人联合起来反抗殖民阴谋。…

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一路谋杀案的首要嫌疑人，谋杀案涉及一位与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他独一要证明自己清白的人，因为下级官员试图让他闭嘴，独一的线索就是一个神秘的老太婆。