超级病毒“金美拉”和抗生素在运送途中，被可骇组织头子Sean Ambrose（ Dougray Scott  饰）盗走，Ethan Hunt（Tom Cruise 饰）率领他的IMF小组接管中情局的使命，找回病毒。　　这次，Ethan Hunt找到了女飞贼Nyah …

派屈克與怙恃到小島渡假，不意遭到不明生物攻擊，他的怙恃因此喪生！劫後餘生的派屈克因打擊過大而精神失常，心理學家為了幫助他療傷，特地帶他重回舊地，卻再度遭受擊…。後來才發現，因為石油公司在小島進行鑽探事情，破壞了自然生態，…