999年，由于数码世界资料异常增生，致使数码世界和现实世界的连接产生紊乱。地球上相应地出现希奇的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全数干涸；中东却由于连场大雨产生洪水，美国则遇到有史以来最严寒的冬天，日本则突降大雪。少年八神太…

在太逐一行人离别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有承平几多时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已前后成为了初中生，…