千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为隽拔的神奇瑰宝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘睁开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的霎时，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼叫声…

小智（松本梨香 配音）一行人继续着考验身手的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在进行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，而且终极凭仗着壮大的实力夺得了头筹，获得了名…