哥斯拉掉入三原山以后，日本过了5年安然的日子，可是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成份制作匹敌哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为&q…

一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的繁荣贸易区破坏後离去。及後东京海底队道亦由于隧道机械主轴溶化一直产生变乱，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子割裂快速活性化，并酿成一座晓得步行的核子厂。同时东京…