经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(刚巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并教授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的成长让他行将可能回到太空，以是他将唐井立为自己的继承人，并告知…

在纽约市一条大街的地下管道里住着四只工夫高强的忍者神龟和他们的老师斯普林特——只来自日本的超级大老鼠，为了守护城市故里，他们同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龙帮的坏蛋以及一伙神秘且训练有素的忍者睁开殊死搏斗。这四只神勇…