面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思惟却意外分手，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不能不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一路寻觅他。一场…

上回说到NEO同窗终于意想到自己的能力和任务，在中弹“新生”的同时，他也酿成了无所事事“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：NEO将率领锡安基地安基地的群众，打响对机器世界的还击战，并将以胜利者的姿势结束这场战役…