イオとの死闘を制したダリルは、ジオン残党軍の一員として地球にいた。彼は奪われたサイコ・ザクの情報を得るための諜報任務に就いていたのだ。一方、新たな仲間と共に「サンダーボルト作戦」に加入したイオの前に、南洋联盟国境守備隊隊…

故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大批战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国睁开了剧烈的战役。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐G…